Oltre alla basilica fondata da Teodolinda, numerose chiese sorsero nel Medioevo entro le mura di Monza. Tra le più antiche e ora scomparse, si ricordano San Martino, Sant’Ambrogio, San Salvatore, Sant’Agata e San Michele, quest’ultima scelta nel 1128 per l’incoronazione di Corrado III di Svevia.

Altri edifici ecclesiastici, destinati a svolgere un ruolo centrale nella storia della città, furono eretti nel Duecento per iniziativa dei nuovi ordini religiosi, specie degli Umiliati e degli ordini mendicanti (Francescani, Domenicani, Agostiniani).

La più importante tra le otto case umiliate di Monza era quella istituita verso il 1252-1259 presso la nuova chiesa di Sant’Agata, poi detta di Santa Maria del Carrobiolo, nota tra l’altro per aver ricevuto in pegno il Tesoro del Duomo nel 1273 da Raimondo della Torre. Il principale convento francescano era invece situato a occidente del borgo, presso il pratum magnum (odierna piaza Trento e Trieste), e possedeva una vasta chiesa che nel 1300 fu assunta a modello per la ricostruzione del Duomo.

Al Trecento risalgono infine la chiesa domenicana di San Pietro Marire, quella dei Disciplini di Santa Marta e quella di Santa Maria in Strada che collegava Milano con Monza e fornita di una delle più belle facciate gotiche lombarde.

Da questi edifici, scomparsi o ampiamente rimaneggiati nei secoli, provengono sculture e affreschi confluiti nelle collezioni del Museo.