Accanto alla produzione locale, nei secoli la Biblioteca si arricchisce di esemplari provenienti dall’area lombarda così come da regioni più lontane, tra cui la Bibbia di Alcuino, realizzata in epoca carolingia dallo scrittorio monastico francese di Tours. Sempre dello stesso periodo è la ricchissima donazione di Berengario, resa celebre dai magnifici dittici eburnei che “legavano” i codici, e che oggi possiamo ammirare nel museo, oltre che per il valore assoluto dei volumi che da essi erano adornati. Proprio sulla scia della donazione imperiale altre ne seguirono e, in modo più consistente all’inizio dell’anno 1000, arricchirono significativamente la biblioteca.

Circa una sessantina di nuovi volumi si aggiungono solo durante il corso del XII secolo: si tratta generalmente di testi di carattere biblico e liturgico, donati principalmente da canonici. Nei secoli immediatamente successivi il patrimonio della Biblioteca ha una parziale battuta d’arresto e l’esiguo numero di manoscritti di natura non ecclesiastica è il riflesso di un ambiente culturale meno vitale di un tempo; interessante è però un piccolo repertorio di testi giuridici che contornano l’importante collezione del IX secolo, in quanto testimonianza della fioritura delle scuole di diritto canonico.

Durante il XV secolo la Biblioteca è soggetta ad un riordino, che vede iniziative di restauro e conservazione dei materiali anteriori presenti, con la rilegatura di numerosi codici. La vita della Biblioteca sembra proseguire quindi tranquilla fino al 1797, anno in cui le autorità napoleoniche confiscano in toto la Biblioteca e il Tesoro del Duomo. I materiali librari entrano quindi a far parte della biblioteca di Napoleone, che impone la rilegatura con stemma imperiale di molteplici codici, rendendone così di fatto, quando non impossibile, assai difficile la ricostruzione della loro storia. Con il Trattato di Vienna del 1817 tornano finalmente a Monza ben 115 manoscritti, ma solamente un terzo degli incunaboli confiscati dai francesi. Per quanto riguarda la composizione dei materiali presenti nella Biblioteca, i codici liturgici rappresentano una parte consistente, nonché costituiscono il gruppo più ricco di codici medioevali.