Con l’altare dell’Appiani si apriva però una nuova fase della storia del Duomo, che nel 1796 fu privato di quasi tutto il suo Tesoro, sequestrato dagli emissari di Napoleone e solo in parte restituito nel 1816. Benché irrimediabili, le perdite subite in tale occasione furono parzialmente colmate dai fedeli con la donazione di nuovi oggetti o con il lascito di antichi e rari manufatti.

Nel frattempo maturava la necessità di un intervento di restauro che rimediasse ai dissesti che si erano andati evidenziando nell’edificio. Si giunse così al restauro della facciata, eseguito tra il 1890 e il 1908 sotto la direzione di Luca Beltrami, che provvide alla sostituzione degli antelli del rosone con delle copie e al rifacimento di tutto il rivestimento lapideo a bande bicrome. In un più vasto intervento sull’edificio, l’architetto provvide inoltre a trasferire nella Cappella di Teodolinda il sarcofago trecentesco in cui riposavano i resti della Regina, realizzando nel 1895-96 anche il nuovo altare neo-gotico della stessa Cappella, destinato a ospitare la Corona Ferrea, che ancora vi si conserva.