La chiesa di Santa Margherita, annessa al monastero omonimo e legata all’esperienza monastica di suor Virginia, fu fondata dagli umiliati nel XIII secolo passò poi a una comunità sotto la regola di san Benedetto. Ai primi del XVIII secolo la condizione dell’edificio risultava così precaria da richiedere degli interventi significativi che diedero alla chiesa l’aspetto che ancora vediamo ai giorni nostri.

Quando alla fine del 1800, per ragioni viabilistiche, la vicina chiesa di fondazione medievale di san Maurizio, officiata all’epoca di Virginia da prete Paolo Arrigone, venne abbattuta, i suoi arredi e l’intitolazione stessa vennero trasferiti nella chiesa monastica, che da allora risulta dedicata a entrambi i santi, Maurizio e Margherita. La sua antica collocazione è riconoscibile dove adesso vi è l’ampio edificio rosa all’angolo tra Via Vittorio Emanuele e via Porta. Comprova di ciò è la presenza di una piccola piazzetta dedicata al santo  in via Vittorio Emanuele 38 che ne ricorda la presenza in antico.