La nuova sezione del Museo – completamente ipogea – è stata realizzata a fianco del Duomo lungo la via Lambro sul lato nord della Basilica.
Il piano del pavimento della nuova sala si trova a -12 metri rispetto alla quota di quello della Chiesa e per la sua costruzione sono state utilizzate le tecniche specifiche per i lavori in sotterraneo.  Preoccupazione precipua  la vicinanza al monumento storico ed il rischio di provocare cedimenti o lesioni: da ciò la necessità di procedere con estrema prudenza.

Questa la sequenza dei lavori:

– consolidamento del terreno al di sotto delle fondamenta del Duomo con iniezioni di cemento e bentonite
– realizzazione di paratie (muri perimetrali) in calcestruzzo con spessore di 90 centimetri infisse nel terreno fino alla quota di -19 metri; in alcune zone, per ridurre lo spessore dei muri, è stata utilizzata la tecnica cosiddetta dei micropali o “tura berlinese” che consiste nell’infissione nel terreno di tubi in acciaio di adeguato diametro posti uno accanto all’altro
– realizzazione del solaio di copertura composto da travi in acciaio di 70 centimetri di altezza collaboranti con un superiore getto di calcestruzzo di 30 centimetri

Il solaio così realizzato ha una triplice funzione:

– reggere il soprastante carico del terreno
– trasferire una parte della spinta della paratia lato Duomo alla paratia contrapposta
– reggere mediante tiranti in acciaio il soppalco realizzato nella sala

Al termine dei lavori sopraelencati si è potuto iniziare lo scavo con asporto del terreno di risulta; durante questa fase si sono anche realizzati sulle paratie del Duomo dei tiranti in acciaio infissi nel terreno per 18 metri di lunghezza per evitare cedimenti, anche statici, delle paratie.

La struttura è stata poi ultimata con la posa della scala circolare in acciaio e del soppalco.