La complessa storia conservativa delle Storie di Teodolinda registra, oltre a numerosi interventi sulle pitture, anche un tentativo di radicale distruzione agli inizi del Settecento, fortunatamente sventato dal cardinale Erba Odescalchi, che ne promosse la copia a disegno da parte di un pittore locale.
Purtroppo un sedicente restauratore Valentini Napoletano grattò via tutto l’oro, impiegato a profusione dagli Zavattari.
Un importante momento è segnato dai lavori eseguiti in cappella da Luca Beltrami alla fine dell’Ottocento, che comportarono anche la pulitura dei dipinti e la realizzazione di una prima sistematica campagna fotografica, opera di Carlo Fumagalli.
Una seconda campagna, questa volta a colori, fu realizzata a seguito del restauro diretto da Ottemi Della Rotta nel 1960-61. Studi sistematici, in funzione di un nuovo intervento complessivo, furono condotti nel 1989-91.
